Для начала ставьте на закачку файл, который чаще всего именуют кодек-паком. В данном случае это не совсем верно, но в подробности вдаваться не будем. Скажем лишь самое приятное - два клика, полминуты на инсталляцию и ваш стандартный виндовый плейер показывает формат *.mkv без видимых усилий. А далее, пока файлик качается,  почитайте выдержку из доклада умных людей.

Во времена широкого распространения Windows 3.1x компанией Microsoft был создан контейнер AVI для хранения синхронных аудио-видео данных. AVI — это аббревиатура от Audio Video Interleave (чередование аудио и видео). AVI является формат-контейнером, который может содержать видео/аудио данные, сжатые с использованием разных комбинаций кодеков. Так, если файлы MP3 и JPG получены с использованием только одного вида компрессии данных (MPEG Audio Layer 3 и JPEG), то AVI-файл может содержать различные виды компрессированных данных (например, DivX для видео и MP3 для аудио). Все AVI файлы выглядят одинаково «снаружи» (имеют расширение .AVI), но «внутри» они могут существенно отличаться.

Со момента создания AVI прошло много времени, и сегодня это наиболее общеизвестный формат для представления видео. Росту его популярности во многом способствовало появление DivX.

MKV — менее популярен, чем AVI формат-контейнер. Свое название он получил при сокращении русского слова «Matryoshka», которое в символической форме отображает принципы его работы. Основным преимуществом MKV является его полная открытость. MKV имеет ряд преимуществ перед AVI, однако, по последней информации DivX Networks, являющаяся лидером в разработке и продвижения новых форматов, планирует использовать новый контейнер, который будет построен все же на основе AVI.
 

Источник - ixbt.com. СходИте обязательно - там много чего полезного написано по теме, глядишь - пригодится. Ну и, разумеется, в самом упрощённом варианте есть информация в Википедии.